به طور معمول از AFM برای تصویربرداری از نمونه بدون اینکه آسیبی به سطح برسد استفاده می شود. گاهی به عمد به منظور اعمال تغییر در سطح از AFM استفاده می شود.

جابجایی مولکول ها یا نانوذرات در سطح و یا ایجاد الگویی خاص روی سطح از جمله این تغییرات است. الگوی نانولیتوگرافی روی سطح نمونه به دو روش ایجاد می گردد:
روش اول: Mechanical nano- Lithography
در این روش سطح با تیپ سخت به صورت مکانیکی خراش داده میشود.
روش دوم: Chemical nano- Lithography
در این روش ولتاژ الکتریکی بین تیپ و سطح اعمال می شود که باعث تغییرات خصوصیات شیمیایی سطح می شود. این الگوی لیتوگرافی را می توان به صورت نقطه ای، مشبک و یا وقتی که همه ی سطح روبش می شود به دست آورد.