در مد Magnetic Force Microscopy یک تیپ مغناطیسی، نمونه ی مغناطیسی را اسکن می کند. در اين مد توزیع نواحی مغناطیسی نمونه با استفاده از اثرهای متقابل مغناطیسی نمونه- تیپ مشاهده می گردد. در این روش به طور معمول از مد غیرتماسی استفاده می شود و خصوصیات سطح و نیروهای متقابل، نیروهای مغناطیسی می باشند. علاوه بر نیروهای مغناطیسی، نیروهای واندروالسی نیز بر اساس فاصله تیپ- نمونه تغییر می کند و در نتیجه برای ارزیابی توپوگرافی سطح نیز استفاده می شود.